De ontwikkeling van MS-DOS als zelfstandig besturingssysteem is gestaakt. De laatste zelfstandige versie was 6.22. Vanaf versie 7.0 is MS-DOS geen los besturingssysteem meer, maar rechtstreeks geïntegreerd in Windows. In Windows 95 en 98 was MS-DOS nog redelijk zichtbaar, in Windows Me echter zijn de meeste sporen uitgewist. Een Chinese MS-DOS-fan (Wengier) heeft een zelfstandige versie van de meest uitgebreide versie gemaakt. Dit is MS-DOS 7.1, door Microsoft geïntroduceerd met Windows 95 OSR2; deze was voor iedereen gratis te downloaden, maar op dit moment is dit niet meer mogelijk.